另一方面，在日本，以庆长五年的关原之战为转折点，霸业由丰臣氏而转入德川氏手中，元和元年大阪夏季战役招致丰臣氏的灭亡，从而巩固地建立了德川幕府对全国的统治。第二年，家康死去，经过秀忠至其孙家光执政时，彻底施行锁国令，幕藩体制的基础日益巩固。明清交替时期正好是家光当政的时代。
日本正保三年，郑芝龙派遣的正使黄征明从福州向日本出航。但途中遇到暴风，船只飘散，其中有的刮回大陆，为清军所捕获。黄征明本人也身阻海上，不得已而重整小船，重新派遣陈必胜、黄征兰二人为使者，据说他们到达长崎是九月初。
使者带来郑芝龙的书信总共八封，其中致日本的正京天皇两封，将军三封，长崎王（长崎奉行）三封。根据林春斋的《华夷变态》记载，给正京天皇的一封信的内容是这样（郑芝龙的原信未传，这是林春斋根据其父林罗山列席幕府会议讨论时的回忆而写的）：“……附隆武皇帝（唐王）之赦旨，引周之彭濮、唐之回鹘之事，意在求借劲兵也。前云借兵五千，今欲更多，以战胜敌兵。”并带来许多礼品，要求派遣强大的援军。
关于“……前云借兵五千，……”，我准备以后再谈。据说幕府接到这些书信后，以老中们为中心，反复地讨论了数天，当时“尾张和纪伊的两位大纳言和水户中纳言”所谓御三家也来到江户，发表了意见。看来是但是极为重大的事件，慎重地予以对待。
其结果，据林信笃的《宽永小说》说，御三家均赞成出兵，“据云尾张大人云：‘三人中，吾居长，应派吾为主将。’自己要求出阵。反对的仅有井伊直孝，他反驳说，御三家的意见有一定道理，是可以信赖的，‘但，……关于求援事，吾以为不会立任何功劳，亦无益之至。’结果大家认为井伊直孝言之有理，取消了派遣援军。”
不过，据《南龙公谱略》说：“赖宣卿云：国家出援兵，无功则不仅为本邦之耻，且长期与外国结仇，成为永世之害；如我兵有功，得其地亦荒其田，于国无益，反招后世之弊，不可从其请。……”由此看来，反对的不是井伊直孝，而是御三家中的一家--纪伊的德川赖宣，情况略有出入。
不过，总的来说，有相当多强有力的赞成意见，赞成的似乎占优势。但最后大概是慎重论取胜，暂且决定观望静候。这里说暂且，是因为一般人认为虽然暂时决定采取拒绝的态度，而其实正如石原道博等人所指出的那样，在内心里始终没有完全放弃出兵的意图。
接着准备特派丰后府内城主日野根织部正等人为正使去长崎，直接向郑芝龙的使者转达幕府的意见。这是传来了唐王和郑芝龙的据点福州沦陷的消息，于是把一切都取消了。如《细川家谱》中说：“此次大明兵乱，平户一官（郑成功）乞援事，书翰虽到，无法应之。书中疑问之点甚多，但为大明与日本之长远计，上意可派遣上使赴长崎，询问一官使者情况，然后传达上意。
此时长崎十月四日书函到达，报告福州失陷。事已如此，一切无及矣。遵照上意，可将上述有关情况奉告江户有关方面，并转致阁下。诚惶诚恐，谨言如上。”由此可知当时的具体情况。这是阿部对岛守等三位老中给细川肥后守的一封信。
由此可以看出，虽然勉强做出不予支援的决定，但考虑到“大明与日本之长远计”，采取了相当含混的态度；也可了解其中的经过是由于接到福州失守的报告，感到“一切无及矣”，才放弃了一切计划。派遣上使当然也取消了。
前面已经谈到，以后郑芝龙投降了清朝，但其子郑成功仍旧孤军奋战，支持明朝，并向我国派来了使者，要求援军（乞师）和物资（乞资）。
其第一次是在郑芝龙的使者来日候的第三年--即庆安元年（1648年），《华夷变态》中收有他的求援信的译文（日文）。信中说：“……余生于日本，思慕日本之心尤深。今处艰难之际，恳请日本以叔侄、兄弟之情待余，施予恩惠。”以血缘相连的唇齿真情。幕府虽进行过讨论，但未复信，看来是未予受理。
第二次是在三年后的庆安四年（1651年）。徐鼐的《小腆纪年附考》中说：“（辛卯十二月）明朱成功（郑成功）取漳浦，遣使通好日本。”指的就是这件事。据后文说，这次是郑成功为了补充物资的短缺，根据参谋冯澄世的献策，向日本接待物资，以此补充短缺，同时卖给吕宋（菲律宾）、交趾（越南）、泰国等，以获取利润。
文中曾写到：“已获日本铅铜之助。”另外如中村久四郎等人所诉，可以想象郑成功等人的军中已经有日本刀和日本式的甲胄等。由此来看，完全可以想象一直从日本获取某种援助。--即使没有幕府的正式援助，也会有民间人士某种形式的声援。
第三次是万洽元年（顺治十五年）（1658年）六月，他派遣的使船载乘员一百四十七人，进入长崎，带来了书信和各种物品。书信开头写着“启上日本国上将军麾下”，原文收入《华夷变态》。但幕府“未及复书”，未予理睬。
第四次是万治三年（1660年）七月，命其部下张光启向日本借兵。《海上见闻录》上写道：“命兵官张光启，往倭国借兵。”指的就是这一次。
沈云的《台湾郑氏始末》上也有内容大体相同的记载，关于这次的结果，他写道：“日本上将军不予发兵，助铜熕（铜制大炮）、鹿铳、倭刀为备。”大概乞师的事情未成，但乞资的事情取得了一些成果。
郑成功的请援使有以上四次。但最后一次乞师的第三年，他壮志未酬，死于南海之地。继承其遗志的是郑经。郑经也有一次乞资。时间是在宽文三年（清康熙二年）（1663年）。
这次乞资的经过是这样：郑成功的哥哥、郑经的伯父郑泰本来就有二心，被郑经察觉后，遂令其自尽。当时从其遗物中发觉郑泰把同我国贸易所收获的大量银钱寄存在长崎。因此，为了拿到这笔银钱作为“恢剿逆虏之资”，而给长崎奉行送去了一封信。
结果是多半银钱已经被倒向清朝方面的郑泰的孙子郑奎舍和郑泰的侄儿郑按舍领走，看来郑经的意图基本上没有实现。不过，郑经对日本国进行的那种活动，可以算作广义的乞资。郑氏家族心向朝廷，不惜向日本借兵，企图光复大明，时乃忠臣也！
