锦衣卫原先是军事建制。明初的军制比较简单，其基层单位是“卫”和“所”，京城的禁卫军所辖卫所为48处。朱元璋改革禁卫军，建立了12个亲军卫，其中最重要的就是“锦衣卫”。
锦衣卫的首领称为指挥使，由皇帝的亲信武将担任，很少由太监担任。其职能是：“掌直驾侍卫、巡查缉捕”，即一部分是负责执掌侍卫、展列仪仗和随同皇帝出巡的锦衣卫，基本上与传统的禁卫军没什么两样。
这些人虽名为“将军”，其实只负责在殿中侍立，传递皇帝的命令，兼做保卫工作。这些人都不是等闲之辈，一个个长得牛高马大，虎背熊腰，而且中气十足，声音洪亮，从外表上看颇有威严，对人有一定震慑作用。锦衣卫中负责“巡查缉捕”，则是锦衣卫区别于其他各朝禁卫军的特殊之处。
朱元璋建立锦衣卫的初衷是用来做仪仗礼仪，后来由于他大肆屠戮功臣，认为司法机构如刑部、大理寺、都察院都不好用，于是将锦衣卫的保卫功能提升起来，使其成为皇帝的私人警察。
负责侦缉刑事的锦衣卫机构是南北镇抚司，其中北镇抚司专理皇帝钦定的案件，拥有自己的监狱，可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过一般司法机构。
南北镇抚司下设五个卫所，其统领官称为千户、百户、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士。校尉和力士在执行缉盗拿奸任务时，被称为“缇骑”。缇骑的数量，最少时为1000，最多时多达60000之众。
锦衣卫官校一般从民间选拔孔武有力、无不良记录的良民入充，之后凭能力和资历逐级升迁。同时，锦衣卫的官职也允许世袭。
明朝的前两代皇帝朱元璋是贫寒子弟出身，朱元璋起兵夺取天下，朱棣是靠武力夺取了侄儿的江山，由于这种出身的特殊性，明朝对皇权的维护有其他朝代所没有的强烈欲望。
这就使得锦衣卫“巡查缉捕”的职能无限度地扩大了。锦衣卫的指挥使利用职务之便，不遗余力地制造事端，既打击异己，又作为自己升迁的资本。
如明成祖时的纪纲、明武宗时的钱宁等，在他们掌权时，缇骑四出，上至宰相藩王，下至平民百姓，都处于他们的监视之下，对他们的命令只要稍有拂逆，就会家破人亡，全国上下笼罩在一片恐怖气氛中。臭名昭著的北镇抚司大牢中更是关满了各种各样无辜的人们，死于锦衣卫酷刑之下的正直人士更是不计其数。
更为可怕的是，这种恐怖的氛围，与唐武则天时期的短期出现不同，明朝几乎是绵绵不绝，这种无节制的滥捕极大地影响了皇帝与官僚机构之间的关系，使百官、民众、军队与皇帝离心离德，有人甚至评价道，明朝不是亡于流寇，而是亡于厂卫。
传说有一次明朝的开国重臣宋濂，秉性老实忠厚，年纪虽老，办法却还算得力，让皇帝满意。有一天下朝回家，大概因为总是早起上朝，加上年纪大了，体力有些不支，过于劳累，就顺口赋诗一首：“四鼓咚咚起着衣，午门朝见尚嫌迟。何时遂得田园乐，睡到人间饭熟时。”
第二天上朝，朱元璋一见宋濂便说：昨天做得好诗!可是我并没有嫌你迟呀，还是改成“忧”吧。吓得宋濂赶忙拜倒谢罪。当朝宰相只不过在自己家中偶尔感叹一下，没想到第二天就传到了皇帝的耳朵里，可见锦衣卫势力之大。
锦衣卫另一项著名的职能就是“执掌廷杖”。廷杖是皇帝用来教训违纪的士大夫的一项酷刑。一旦哪位官员触怒了皇帝，被宣布加以廷杖，他就立刻被扒去官服，反绑双手，押至午门行刑。
在那里，司礼监掌印太监和锦衣卫指挥使一左一右，受刑者裹在一个大布里，随着一声“打”字，棍棒就如雨点般落在他的屁股上。行刑者为锦衣卫校尉，他们都受过严格训练，技艺纯熟，能够根据司礼太监和锦衣卫指挥使的暗示准确地掌握受刑人的生死。
如果这两人两脚像八字形张开，表示可留杖下人一条活命;反之，如果脚尖向内靠拢，则杖下人就只有死路一条了。杖完之后，还要提起裹着受刑人布的四角，抬起后再重重摔下，此时布中人就算不死，也去了半条命。廷杖之刑对士大夫的肉体和心灵都是极大的损害，但皇帝对此乐此不疲，锦衣卫也就对它情有独钟了。
猖狂的东厂西厂
除了锦衣卫之外，明朝还有另外两个特务机构，那就是东厂和西厂。东厂的建立者是明成祖朱棣。在发动“靖难之役”夺取了侄子的皇位后，朱棣一直担心帝位不稳，一方面，建文帝未死的流言不时出现，另一方面，朝廷中的很多大臣对他并不十分支持。为了巩固政权，朱棣迫切需要一个强有力的专制机构，但他觉得设在宫外的锦衣卫使用起来还不够用，于是决定建立一个新的机构。
在朱棣起兵的过程中，一些宦官出过很大的力，如著名的郑和、道衍等人，所以在他心目中，还是觉得宦官比较可靠，而且他们身处皇宫，联系起来也比较方便。
就这样，在明成祖迁都北京之后，建立了一个由宦官掌领的侦缉机构，由于其地址位于东安门北侧，因此被命名为东厂。东厂的职能是“访谋逆妖言大奸恶等，与锦衣卫均权势”，起初，东厂只负责侦缉、抓人，并没有审讯犯人的权利，抓住的嫌疑犯要交给锦衣卫北镇抚司审理，但到了明末，东厂也有了自己的监狱。
东厂的首领称为东厂掌印太监，也称厂主和厂督，是宦官中仅次于司礼监掌印太监的第二号人物。除此以外，东厂中设千户一名，百户一名，掌班、领班、司房若干，具体负责侦缉工作的是役长和番役，役长相当于小队长，也称档头，番役就是我们俗称的番子。
东厂的侦缉范围非常广，朝廷会审大案、锦衣卫北镇抚司拷问重犯，东厂都要派人听审;朝廷的各个衙门都有东厂人员坐班，监视官员们的一举一动;一些重要衙门的文件，如兵部的各种边报、塘报，东厂都要派人查看;甚至连普通百姓的日常生活，柴米油盐的价格，也在东厂的侦察范围之内。东厂获得的情报，可以直接向皇帝报告，相比锦衣卫必须采用奏章的形式进行汇报，要方便得多。
东厂府衙，大厅左侧供奉着岳飞的雕像，右侧刻着胰式芏案的故事。历届东厂厂主的牌位，供奉在大厅西侧的祠堂里，堂前还有一座“百世流芳”的牌坊。可惜东厂人员的所作所为与这些摆设实在相差太远。
东厂番子每天在京城大街小巷里面活动，并非完全为朝廷办事，更多的是为自己牟私利。他们常常罗织罪名，诬赖良民，之后就屈打成招，趁机敲诈勒索。
到了明中后期，东厂的侦缉范围甚至扩大到了全国，连远州僻壤，也出现了“鲜衣怒马作京师语者”，搞得举国上下人人自危，民不聊生。在与锦衣卫的关系上，东厂则是后来居上。由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系，在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主甚至要下跪叩头。
与东厂相对的是西厂，西厂在历史上只短期存在过，明宪宗成化年间，先是京城内出现了“妖狐夜出”的神秘案件，接着又有一个妖道李子龙用旁门左道蛊惑人心，甚至网罗了很多太监，意图不轨。虽然李子龙和他的党徒最终被锦衣卫一网打尽，但明宪宗由此深感侦刺力量的不足。
于是他身边的小太监汪直被选中，派往宫外打探消息。汪直抓住了这个机会，到处捕风捉影，搜罗了不少所谓的“秘密消息”报告给了宪宗。宪宗认为这些消息很有价值，对汪直的表现也十分满意，要他继续做下去。
