台海局势紧张，台独势力甚嚣尘上。在某大国议会代表团来中国访问前夕，国家安全局侦察员丁慨然、钟晓雯、林光等，奉命秘密逮捕以台商身份在大陆从事间谍活动的台湾军情局特务郑家初。
在郑家初的交代中提到了自己的老师“九叔”，令祝局长为之一震。此刻，周天刃和他的得意门生李肖在台湾见面。
在台湾，李肖正在参加台独组织——台湾铁血建国同盟的秘密会议，并在会上极力主张挑起中国政府与某大国的矛盾，以达到台独分子不可告人之目的。
云雀行动剧照
云雀行动第2集剧情介绍根据郑家初的报告，安全局对周天刃将要接触的人脉进行了调查，与此同时，周天刃也在日本通过国际长途电话，向郑家初打听这些人的下落。
李肖给在深圳的女儿李曼秋打电话时，重点谈到了李曼秋大学时代的恋人、现在的中国人民解放军军官洪越。李曼秋决定去北京。
李肖在泰国雇用了三名职业杀手，准备利用航模飞机携带炸弹，对来北京的某大国议会代表团进行袭击，挑起中国与某大国之间的恶性事件。某大国议会代表团抵达北京。
