四十年代初，延安的一所小学教室内，两个人正在秘密进行交谈。其中一个是教师李文鼎,他的真实身份是中共的头号特工，代号零。阴雨绵绵的上海笼罩着一层乌云，中统上海站站长北冥带队袭击了中共上海地下总站，目的是为了中共的通讯密码和筹措多年的经费。
军统上海站的站长靛青也加入了混战中,经过交战，中共上海站站长卢戡被杀，北冥也被代号“沧海”的中统刘仲达出卖并开枪打死。代号“客人”的神秘男子在军统的层层监视下趁乱向延安发出急电——惊蛰。
零号特工第2集剧情介绍三十四通知零随时准备出发。为了让零顺理成章地离开延安，三十四说零是反贼，并以督导的身份把他革除出了学校。此时的上海一片阴晦，刘仲达带着军统对中共在上海所有的交通站进行了袭击。当他们在袭击最后一个交通站的时候，却遭到了埋伏在此的中统的偷袭，刘仲达受伤。
零号特工剧照
在大车店，一位交通员告诉零三十四的行走路线，交通员还告诉零，此次要面对的敌人是马贼“天星帮”，“天星帮”头领的真实身份是军统西北站站长，代号湖蓝。 广阔的沙漠中，出现了马队，正是湖蓝带领的“天星帮”。
零号特工第3集剧情介绍打头阵的交通员把湖蓝的注意力吸引到自己身上，经过搜查，湖蓝没有搜到他想要的东西，他想要的是共产党由延安带出的通讯密码。零和三十四都踏上了前往三不管的路途。两不管沙漠，湖蓝截住了零的去路，零以一个穷教书匠的身份骗过了湖蓝。三十四也以国民政府教育部官员的身份顺利地通过了湖蓝的盘查。
三十四很快到达了三不管镇，由于出关的关卡已经关闭，他只有住进了阿手店。夜幕降临，徒步走来的零也到达了三不管镇，一路的艰辛已使他筋疲力尽。在这个阴森的小镇，他遇到了中统西北站站长鲲鹏，被毒打一顿，昏倒在阿手饭店外。
