韩朗带子弹北上深圳去见中方大人物“总裁”，子弹见到“总裁”时却大吃一惊，原来“总裁”由内地公安程队长假扮，子弹向韩朗透露，韩朗心知不妙，在子弹掩护下逃命。
另一边厢，浩东潜入家琳屋中欲再行非礼之事，又被峻轩发现阻止，混乱打斗中，家琳刺伤浩东，救了峻轩一命，两人又一次经历生死，决心再不分开。
由于双方的合作都出现问题，韩朗和峻轩都终止了对对方的暗杀行动，暂时握手言和。原来这一切都是子弹的计划，他解释逼韩朗和峻轩合作，是想将来一并拘捕两人，让程队长假扮“总裁”也是他的主意，目的是引出真“总裁”，可惜总裁并未出现，高珊向峻轩和韩朗透露，“总裁”决定去香港，打通运毒之路。
玥琪为不妨碍子弹，假意与子弹分手，进行地下恋爱。警察处接到情报，大人物总裁不日将来港，因总裁行事低调，警队的目标是照到总裁的照片。
苏晴称峻轩方面没有情报，是否要再行确认，张铤听到峻轩名字显得十分冷漠，称峻轩或许已经不可信任，苏晴不同意，张铤交给苏晴一个窃听器，让苏晴自行定夺。
无间道3第6集剧情介绍玥琪和子弹表面分手，但子弹平日假戏真做，当古惑仔违法乱纪，引得玥琪大为不满，子弹明白玥琪心意，真心道歉，两人又和好如初。峻轩收到总裁来电，约定见面的时间和地点，被苏晴窃听到，苏晴知道峻轩一直在骗她，倍觉失望和伤感。
韩朗与峻轩提前到达会见地点，却发现了苏晴安装的窃听装置，连忙转移目标。峻轩在转移时遇到苏晴，怒斥她安装窃听器，苏晴苦笑，称倒是峻轩利用她的信任，原来苏晴并未通报警察大队，峻轩黯然神伤，苏晴则对峻轩彻底失望，这一切都被张铤看在眼里。
峻轩和韩朗重新跟总裁会面，张铤在隐蔽处拍下总裁相貌，抓到总裁时，却得知那只是个演员，只是收钱作戏，张铤仍未能成功。
韩朗和峻轩终于和真正的总裁见面，讨论了运毒的方针，太子为加入中港运毒生意，刺死前来投奔的浩东，将其性命作为礼物送给峻轩，入了伙。张铤没能见到总裁，子弹却瞥到总裁相貌，告之了程队长，中港警方也正式开始行动。
