按照虎旗军的规矩，凡是在撤退时受伤不能动的都处死，免得落在官兵手里受罪，就在冯一刀等人准备杀死谷子等受伤的弟兄时，王怀远赶来拦下冯一刀，坚决不准杀人。王怀远说服了大家，主动背起受伤的弟兄下山，感动了所有人，赢得了大家的尊重。王怀远在山上留下很多稻草人吸引敌人注意力，稻草人里都藏有炸药，自己却带着队伍从悬崖边的小路下山。田德贵轻敌中了王怀远的圈套，受到重创。
下山之后，王怀远安排大家分散行动，让谷子带人伪装成主力前往临淄，剩下的人奔赴蒙阴孟良崮。为了解决虎旗军的粮草问题，冯一刀决定要血洗孟良崮的大村子垛庄，王怀远说服不了冯一刀只好带着虫草赶往垛庄报信。经过一番误会，王怀远表明来意和身份，垛庄的族长孙国栋待之为上宾，让全村的人听王怀远调遣合力击退冯一刀。
夜间冯一刀带人杀入垛庄，却发现村子已经空了，只有一个看家的老头。老头带他们来到垛庄厅堂，冯一刀等人忍不住诱惑，喝起了垛庄的好酒，却不知王怀远早就在这里下了圈套等着他们，冯一刀等人喝过酒之后统统晕倒，醒来时已经被王怀远等制服。原来王怀远把麻醉用的药“醉仙散”注入蜡烛里，厅堂点着蜡烛散发出药剂来，冯一刀等人喝过酒之后让药效更快发挥，所以才晕倒。王怀远有理有据的说服冯一刀，并且展示了梁鼎山还给他的《火器医鉴》，冯一刀这回心服口服，王怀远彻底赢得了人心。
神医名将第13集剧情介绍国民党特务处派宋文清来到济南破坏共产党地下组织，根据顾委员介绍，宋文清得知金石大药房其实是共产党人的秘密联络站，并对王怀远投靠了虎旗军非常惊讶。与此同时，侯七和谷子甩开田大棒子的追踪成功得在蒙阴与大部队会合，众人热烈庆祝，刁四感到危机重重，私下派白蜡杆去济南找佐藤俊二。金石大药房被特务查封，赵化民也被人追杀。他在同志的掩护下冒死找到田麦穗和银杏，告诉她们他决定上山打探王怀远，让她们好好照顾自己，等他的消息。
白蜡杆儿带着刁四给他的樱花徽章找到佐藤俊二，将刁四的纸条交给佐藤。佐藤俊二交给他一个盒子跟一个包裹，让他一定交给刁四，并将虎旗军的消息通知了田大棒子。田大棒子得知自己受骗，立即集合部队向蒙阴出发。
王怀远和旗主们商量虎旗军日后的发展，刁四在巡山的时候意外的遇见了以收药材为名寻找王怀远的赵化民。两兄弟重逢后十分高兴。赵化民告诉他连红军都有稳固的根据地，虎旗军也应该如此，王怀远下决心要找块易守难攻的地方安置虎旗军。
刁四故意找王怀远来瞧病，结果被王怀远识破收到讥讽。白蜡杆儿趁人不注意溜进王怀远的帐篷，把小盒子里的东西放在王怀远的床下，然后又在大家喝的酒里下毒，虫草恰好遇见，却被白蜡杆儿跟刁四又反咬一口。大家将白蜡杆和虫草都绑了起来。对刁四和王怀远的帐篷分别进行搜查，结果在王怀远的帐篷里搜出了盒子。王怀远因为没有证据证明自己，于是便让众人也将自己绑起。
神医名将第14集剧情介绍王怀远和虫草被绑在一起等待第二天的行刑。侯七和谷子则商议如何让将两人救出。火场上，正当王怀远就要被烧死时，侯七突然投奔刁四，承认是王怀远下的毒，结果趁其不备在他身上偷出佐藤俊二的信，。
而田德贵此时也带着部队已经杀了过来。冯一刀受伤，刁四趁乱要逃跑，被王怀远的“甩针”扎上了眼睛。
田麦穗外出回家，意外发现银杏不见了。偷偷跑出来的银杏走在大街上，意外地遇到了刘炳才，刘炳才要抓银杏回去，却被恰好路过的宋文清看见，宋文清不顾田大棒子的面子，将银杏带回自己住处。
虎旗军与田大棒子的交战损失惨重，众人也终于认清真相，齐拜王怀远为总旗主。王怀远将虎旗军重新归置，并跟兄弟们约法三章：不抢民财，不占民房，不欺民女，众人在王怀远的带领下向卧龙山赶去。
银杏在昏迷中受到了宋文清的照顾。田麦穗来药房打探消息，不料药房已被特务包围，田麦穗被抓。
赵化民回到药房发现药房被砸。情急中决定将藏在药房中的资料进行焚烧。宋文清正好赶到，赵化民被抓走。宋文清企图严刑逼供赵化民，但是赵化民坚持不说。
田德贵正要进攻王怀远，得知宋文清抓走了田麦穗，气急之下田德贵带着队伍回了济南。田德贵不顾一切，得罪所有人也把田麦穗从狱中救了出来。
虎旗军前往卧龙山的路上经过一个叫小刘庄的村子，大片刀寂寞难耐，偷看小刘庄一户叫张疙瘩的女儿小芹菜洗澡，被人抓个正着。
