在狱中，柳玉凤和郑大川生离死别，菊香看到了郑大川对感情的忠贞不渝。草把龙向刺梅花求爱，遭到了刺梅花的委婉拒绝，草把龙表示愿意等待。
王全术误以为郑大川杀害了他的舅舅，为了将共产党游击队一网打尽，他召开公审大会，以郑大川等嫌疑犯作鱼饵，希望钓到大鱼。
彭咏梧遵照党的指示来到万川地区组织暴动，经与刘梦航等人商量，决定将计就计，突袭空虚的保安团团部。与此同时，草把龙为救干女儿菊香，率兄弟会前来劫法场。
郑大川的母亲来到法场与郑大川诀别。法场枪声响起，混乱中，郑母替郑大川挡了子弹，倒地身亡。郑大川被兄弟会救上十二关。刺梅花觉得郑大川落到如此田地与自己有关，她悉心照料，却被郑大川拒绝。刺梅花敏锐地感觉到菊香喜欢郑大川。 王全术的父亲王择山是本县开明绅士，赞同共产党的主张。他从重庆请来医生冉东望，建立了万川县医疗救济站，聘冉东望为站长。冉东望是共产党秘密交通员，救济站遂成为共产党的联络站。
三峡枪声第4集剧情介绍下川东地区工委正式成立，迅速展开抗丁、抗捐、抗粮的三抗行动，同时建立游击队。地工委认为兄弟会与十二关大大小小的土匪棚子有着本质区别，是一个农民自发组成的反抗团体，具有很好的基础，决定由刘梦航作为代表前去说服兄弟会加入游击队。
王择山夫妇得知郑大川家破人亡的惨状，良心不安。当年，郑大川的父亲曾率民团为王择山一家护院，赶走前来勒索的土匪。王择山认为王家愧对郑家，决定为郑母办"二七"，让王小薇去十二关请郑大川下山。 夕阳西下，王择山率夫人和女儿在郑母坟前祭奠，由于王全术不愿前来，王择山等人在坟前长跪不起，王全术只得现身。在王择山的逼迫下，王全术深感屈辱地穿上孝服。郑大川突然出现，王全术与郑大川举枪对峙。王择山夺下王全术的枪对准了自己的脑袋，郑大川只得离去。
三峡枪声第5集剧情介绍郑大川请求草把龙率兄弟会为自己报仇遭到拒绝，他不辞而别。刺梅花得知消息前去追赶郑大川。郑大川误闯土匪黑岩帮地盘，被黑岩帮大当家的胖头鲢截住。危急时刻，刺梅花解围，郑大川暂回兄弟会，等待适当时机投奔共产党。
草把龙发现刺梅花喜欢郑大川，他想尽办法挤走郑大川，提出"进门一枝花"的条件，开出20条枪的"投名状"。不料，郑大川一口答应。
郑大川带人拉肥，绑架了县长毛方谷的哥哥、大财主毛方田。为富不仁、横行乡里的毛方田为了活命，交出了20条枪。郑大川完成了投名状，威信陡增，草把龙封郑大川为兄弟会的三爷，挤掉了青竹彪的位子，青竹彪怀恨在心。
王全术带人前往十二关欲索回枪支，郑大川设空城计使王全术退兵。 重庆派来特派员廖梦秋前来万川县，她是剿总司令廖进修的侄女。县长毛方谷从中作梗，致使廖梦秋与王全术产生隔阂。
三峡枪声第6集剧情介绍刺梅花虽然喜欢郑大川，但草把龙对她有救命之恩，她不忍伤害草把龙，内心陷入矛盾之中。
刘梦航来到兄弟会，草把龙不愿意加入游击队，便企图用钻刀山、下油锅的拜山礼令刘梦航知难而退，刘梦航从容应对，顺利过关。郑大川见到刘梦航，喜出望外，他在上学时曾聆听过彭咏梧、刘梦航等人的演讲，受到极大震动，内心十分崇拜两位先生。刘梦航给郑大川讲了许多革命道理，郑大川的觉悟有所提高，他决心说服草把龙加入游击队。
王全术为了实现自己清除共党和匪患，建立万川模范区的理想，开始用残酷手段训练保安团士兵。在他的领导下，保安团脱胎换骨，成为一支训练有素的队伍。 青竹彪为了给兄弟会筹集剧情介绍经费，干起了贩卖大烟的生意，遭到郑大川的反对。郑大川将大烟销毁，赃款没收，激起了青竹彪的愤怒，他一怒之下，投靠了王全术，主动提出代王全术抓捕郑大川。
