对于妹妹的“堕落”，珍妮心急如焚，为了挽救妹妹，她向父母建议让妹妹跟着表哥去美国。宋父宋母决定让姐妹两个一起去美国，这样更安全些。逢天爵答应宋父宋母的请求。阿雯再次带着丹妮去执行任务，她们埋伏在一幢高楼里，准备用狙击步枪猎杀目标，不料目标没有出现。珍妮找到一个私人侦探来调查赵康，她想弄清楚赵康的真实面目。同时，松田也在对赵康进行一次次地考验。赵康发展了一批特务，得到松田的赏识，赵康发现日本梅机关有一份蓝封面的绝密档案，名其曰“蓝色档案”。
阿雯和丹妮又一次来到仙乐斯舞厅，巧的是赵康也在这里，阿雯告诉丹妮赵康就是她要杀的目标。这让丹妮大为惊愕。阿雯打中赵康，但是没有致命，本来她是有机会的。阿雯和丹妮成功逃离仙乐斯舞厅。丹妮告诉姐姐赵康的真实面目，丹妮不相信，这个时候，她雇佣的私人侦探也来报告情况，结果，那个侦探还没有开口就倒在地上，他的背上插着一把匕首。珍妮决定弄清真相，就独自去医院看望赵康，她想看看自己深爱着的男人究竟是人还是鬼。在医院里，珍妮见到赵康，同时也见到松田和其他的特务来慰问赵康，珍妮的心灵受到重创，她哭着跑出医院。她的世界彻底坍塌了。
松田再一次考验赵康，命令他杀死宋父宋母，赵康面临着生死抉择。当赵康举起手枪对准宋父宋母的时候，他犹豫了，是松田的得力助手扣的手枪扳机，但从宋家的管家眼里看去，是赵康开的枪。珍妮得到赵康杀死父母的消息，她已经没有力量再活下去了，她从外白渡桥跳进黄浦江。
蓝色档案第5集剧情介绍跳进黄浦江的珍妮被一条渔船救起，这条船是新四军的交通船，救她的是方岩松，一个共产党的特工。他到上海来是买盘尼西林药品的。醒过来的珍妮跟着船来到了苏北新四军抗日游击队的根据地。
赵康奉松田的命令正在抓捕买盘尼西林的共产党特工，他接到密报，前来抓捕，方岩松已经在去苏北的船上了。
经过一段休养的珍妮跟随着方岩松又回到上海，他们前往接头地点接头，不料接头地点挂起红灯笼，暗示方岩松和珍妮 已经发生变故。他们迅速离开，方岩松找了个酒店住下，并让宋珍妮回家。宋珍妮回到家，管家告诉她丹妮已经被日本特务杀害了，失去双亲和妹妹的珍妮顿时绝望，眼前的这个家对她来说已经没有任何意义了，她决心为新的理想——共产党的理想而奋斗，走上革命的道路。为了考验珍妮，方岩松带着她参加一次舞会，他们要在那里和一个特工见面。出乎意外的是，珍妮在舞厅见到了赵康。为了避开赵康，珍妮离开了舞厅。珍妮告诉方岩松她和赵康的关系，方岩松认为珍妮是个特工人才，就把她又带回来苏北。
回到重庆的阿雯被调往军统工作，去当特工训练班的教官。贺德彪也奉命组织了中统的训练班，并亲自担任教官。经过松田的多次考验，赵康获得了松田的信任，他也就有更多的机会接触到梅机关的机密情报，并不断地将获得的情报发回重庆。珍妮被组织派遣前往重庆参加中统的训练班，秘密地打入中统。从此开始了漫长而又危险的生命之旅。
蓝色档案第6集剧情介绍其实，丹妮并没有死，她给自己制造了个假象，换了个名字展转去了重庆寻找阿雯去了，这让在轮船码头等待去美国的逢天爵焦虑不已，他无法完成姨妈交给自己的任务，悔恨万分。
珍妮改名为沈亚奇，丹妮改名为寒冰，一个在中统，一个在军统，两姐妹开始了残酷的特工训练，受尽了苦和累，为了民族解放，她们都忍受下来了，经过刻苦的努力，两个人均以优异的成绩从训练班毕业，成长为优秀的特工。贺德彪是沈亚奇的教官，他对沈亚奇无微不至的关怀，这让沈亚奇感到有些蹊跷，她不知道贺德彪也是战斗在敌人心脏里的共产党特工，而且还是她的直接领导。银狐是寒冰的教官，同样，寒冰也不知道让自己仰慕的男人竟然是76号派来的“内鬼”。时光蹉跎。转眼，宋家姐妹开始执行任务。她们几次错过，都没有见面。彼此都认为对方已经不在人世。宋家姐妹奉命途径香港前往上海。在香港她们要和迎接的人接头，出乎两个人意外的是，两个男人分别是贺德彪和银狐，原来，两个教官是来保驾护航的。
为了熟悉上海的环境，贺德彪带着沈亚奇来到在香港的舞厅里跳舞，两个人似乎产生了朦胧的情感。沈亚奇很快就控制住自己。寒冰则大胆地向银狐示爱。松田得到密报，重庆派来了女杀手。松田把女杀手的照片给了赵康，照片上的人让他大为吃惊，他不明白珍妮怎么会变成了一个中统特工。为了保护珍妮(沈亚奇)，他派手下人四处搜查，要抢在日本特务的前面，让沈亚奇脱险。回到上海的沈亚奇来到万国公墓，想向父母和妹妹的墓献花，表达哀思，赵康也不期而止，曾经情人的意外相见，使两个人都有恍然隔世之感。赵康让珍妮永远记住一句话：“不论发生了什么事情，我都是爱你的，永远爱你!”
