张惠妃来到杨敬妃禁宫嘲笑她的失败，结果反遭到杨敬妃的讥讽。李行义见到杨敬妃被软禁，心痛不已。
李时珍官复原职回到太医院。玉兰为了报复丁冬强告密，假装与他合作经营美容药膳。丁冬强上当，按玉兰给的秘方做出药膳送于严世蕃，结果害得严世蕃的小老婆满脸长豆，严世蕃大怒，将百珍斋砸了，丁冬强垮台。
徐阶、高拱来到裕王府，报告德安的景王府已完工，要想办法让景王尽快离开京城，好立裕王为太子。严世蕃则让景王说服皇上，以编修《本草》为名留在京城，寻找翻身的机会。
李时珍第42集剧情介绍景王找到皇上陈述编修《本草》的理由，声泪俱下，嘉靖被感动，答应了景王的要求，并让李时珍协助景王完成此项大计。李时珍决定再相信一次景王，和他一起着手编修《本草》。就在景王想一展宏图之时，李行义出现在景王府，有意透露出皇上仙丹已炼成，皇上还会再活三百年。景王一听觉得自己再无机会当皇帝，于是决意谋反，暗地里拿编修《本草》的经费四处收买杀手。
由于杨洪勤按严世蕃的要求给裕王药中下慢性毒药，裕王终于病入膏肓。杨洪勤作为主治医官，被关入大牢。严世蕃答应很快就会救他出来。
徐长明找到李时珍，让他为裕王治病。景王却以修《本草》为名反对其为裕王治疗，被李时珍拒绝。
李时珍第43集剧情介绍长葶等人担心裕王的病无药可救，劝李时珍别插手此事。李时珍不听劝告，坚持医者就要治病救人的宗旨。李时珍发现裕王有中毒症状，冒险使用奇方，最后终于把裕王从死亡边缘拉了回来。
李时珍一次又一次地破坏了李行义和严世蕃的诡计，这让他们很是恼火，于是他们设下圈套，让李时珍误闯苌葶为皇上祈福的禁地，犯下欺君死罪。皇上知道此事后欲将李时珍处死。苌葶为了保全李时珍的性命，同时减轻自已的罪责，将自已双眼毒瞎，还将自己和李时珍的过去讲给嘉靖听。皇上听了苌葶的故事，放了李时珍。李时珍和斯语对长葶的自残愧疚不已。
这时裕王病情又出现反复，李时珍再次给裕王诊治，并发现了裕王中毒的原因跟师傅华南记载的武宗皇帝中毒的原因完全一样。
李时珍第44集剧情介绍崔方准备提审杨洪勤，发现杨已死于牢中。崔方将杨洪勤为裕王所开药方交于皇上，并告诉皇上这副药方与当年武宗皇帝的药方完全一样。嘉靖知道，只有皇族才有机会看到这个药方，这次裕王中毒一定是景王无疑，为保全皇家脸面，嘉靖决定让景王停修《本草》立即出京。景王决定垂死挣扎，找到严世蕃要拉他跟自己谋反。严世蕃马上将此消息告诉了父亲严嵩，严家父子为求自保，当即决定向皇上告秘，出卖景王。
李时珍发现景王所用丹药中有致人上瘾的火麻仁，便找到李行义质问。而此时的李行义正准备对嘉靖下毒手，他知道最后关头已经来临，不能让李时珍再阻拦自己的复仇大计，便将李时珍约出郊外，劝李时珍不要管自己的事。李时珍则劝李行义摆脱心魔，回头是岸，两人发生争执，混乱中李行义将李时珍推下山崖。
