明空知道了鲁志成带领大刀自卫队抢日军军粮的事情。田英被送到医院时，志成才发现自己腿上也中了一枪。日军总部见军粮被抢，命柳生霸川无论如何要想办法重新押送军粮往前线，否则军法处置。
伤愈回寺的鲁志成，以为会被奖励，却因私自行动折损五名队员而被方丈下令关进小黑屋。鲁志成不服寺规处罚，监寺明远下令武僧治服鲁志成。杨万凤求情不成，跑到了尘那里，希望了尘出面为鲁志成求情，被了尘拒绝。悟尘暗地里给鲁志成送吃送喝。
八路军团长富大龙再次来到白塔寺，撞见杨万凤，得知鲁志成因抢粮一事被明空惩罚。富大龙一边为鲁志成求情，一边劝说明空，号召成立独立连，并推荐鲁志成为连长，田英为兼职指导员。
方丈夜谈鲁志成，分析伏击抢粮战中失利原因，鲁志成大骇，方知方丈竟是当年毕业于军事院校的地方部队司令。明空终于道出，大刀队既意愿已决，可以遵众各人心愿成立八路军抗日独立连，让鲁志成当连长，但必须离开白塔寺。
和尚抗日连第9集剧情介绍“五台山抗日自卫独立连”正式成立。杨万凤以为志成既然当了独立连连长，就会同意娶她，隧求助妙洁帮自己绣嫁妆。独立连成立后开始在田英等人的带领下进行军事训练。
静云送信告知柳生霸川，白塔寺联合附近的僧人反俗，成立抗日独立连，柳生霸川决定歼灭独立连。杨万凤来找鲁志成，撞见田英在树林里向鲁志成灌输革命思想。柳生霸川派浅见上山招安吴有德做兴亚黄军司令，吴有德左推右托。
独立连害怕遭到日军的围剿，决定带领独立连离开寺院转移进入深山，傅卫国作为文化教员和鲁志成发生冲突。傅卫国送给鲁志成一支钢笔，不会写字的鲁志成不知这是讽刺，高兴地将钢笔插在了胸前。悟尘细心地为志成等独立连成员准备了干粮。
独立连整队出发，杨万凤去白塔寺找鲁志成，不料独立连已离开。独立连把营地扎在深山绝密地带，开展各种正规化军事训练。外出巡逻的鲁志成、傅卫国等人，巧遇吴有德、小满等人。
和尚抗日连第10集剧情介绍傅卫国欲让小满给个说法，与吴有德刀兵相见。小满让吴有德放过傅卫国，吴有德愤怒离去，傅卫国亦为小满完全不再心向自己而伤心不已。妙洁被日军强奸，投河自尽被志成救回独立连连部。
杨万凤终于也赶到了独立连驻地，鲁志成巧施激将法让杨万凤规劝妙洁，杨万凤到最后恼羞成怒，反而一句话触动妙洁排除了死念。妙洁竟决意向了尘提出还俗，要追随独立连杀日本鬼子。被了尘误以为受万凤鼓动，杨万凤被了尘师太喝斥。
夜晚，杨万凤、妙洁偷偷溜出普济庵，却被鲁志成拒绝加入独立连，杨万凤一气之下带着妙洁离开。万凤竟单独成立女兵排，万凤自任排长，战士只有妙洁一人。
杨万凤趁着两个日本鬼子跳到河里洗澡带着妙洁去偷枪，被日本鬼子发现，万凤击毙鬼子拉着妙洁逃走，两个人抢到了两支枪，妙洁在万凤的指导下学习射击。
柳生霸川终于得知抢粮事件与白塔寺有关，且白塔寺僧人竟然已经加入了独立连，决定一箭双雕，对寺庙兴师问罪，并以此为借口，想要以武力得到华严血经。
明空方丈、了尘师太等五台各寺主持被抓，明空方丈临走时仍嘱咐监寺明远不可让僧众乱来，以免造成更大伤亡。
