李淑蔚重回独立纵队，争取独立纵队同情八路军。郭万铭向八路军争夺神南堡，双方剑拔弩张。孟云霄在纵队司令部同时接待国共双方首长，暗中却派任汉大队强行从八路军手上接收神南堡，从而把国共两军隔开。因神南堡原来是独立纵队收复的，所在国共双方都无话可说。李淑蔚不明其中奥妙，大为生气。郭万铭吃了哑巴亏，也大怒而去。
戏班主金宝山暗暗爱上李淑蔚，工作很积极，却误会了李淑蔚的意思，竟然策动一个小队的独立纵队战士去投奔八路军。李淑蔚对此浑然不知。张开江趁机挑拨，火凤凰带着张开江、顾子胜追上小队，截住他们，欲以叛逃罪枪毙小队长伍民和金宝山、并枪毙李淑蔚。
千均一发之际，孟云霄赶到，救了他们。八路军得知此事，派出易科长四人前去独立纵队交涉，张开江和顾子胜半道杀害三人，割下其一人耳朵放回。吴方批评阳光在对待独立纵队的问题上右倾，决定向第二军分区借两个团，攻击任汉所在的神南堡，吸引孟云霄支援，伏击之，并剿灭凤凰山。
形势声学危险，李淑蔚还被关在凤凰山出不去，孟云霄无法说服火凤凰。张开江要顾子胜去牢中杀李淑蔚，顾子胜把柄在人家手里，没有办法。只得同意。在他们下手之前，孟云霄派秦汉先一步救出李淑蔚。此时，八路军与任汉已经对峙，战争几乎不可避免，李淑蔚紧急赶赴前线，拉住了指挥官准备下达开炮命令的手，惨剧得以避免。
在国、共和独立纵队内部大乱之时，大羽三郎决定向古敬斋部下手。
火凤凰传奇第16集剧情介绍抗日同盟军副司令汪作人(与古敬斋的姨太太有奸情，被发现后决定搞掉古敬斋)。汪作人率叛军攻击同盟军司令部，小三手和小辣椒、侯大拿拼死保护古敬斋。
小辣椒逃出，遇到李淑蔚，李淑蔚单骑解救古敬斋。古敬斋宁死不屈，儿子古存仁被杀，侯大拿牺牲，都没有能动摇他的意志。
危急时刻，李淑蔚赶到，接着郭万铭率部赶到，打死汪作人，解决叛军。郭万铭事毕后，却扣押李淑蔚，作为向孟云霄交换神南堡的条件。
策应汪作人叛变的大羽三郎恼羞成怒，决心进攻郭万铭师。而此时孟云霄率独立纵队、八路军阳光部也讨伐郭万铭扣押李淑蔚的罪。大羽三郎进攻黄集，激战数日。
孟云霄闻讯，决心先帮着郭万铭打日本人，再算自己的账。黄集眼看就要陷落，郭万铭重伤，大叫：“孟云霄，你可不能看老子的洋相啊”。
火凤凰传奇第17集剧情介绍周小荷放了李淑蔚，李淑蔚逃出黄集向八路军求援。这时，孟云霄率部从外夹击敌军，八路军和孔廷栋部攻击神北城以围魏救赵。日军溃退。孟云霄与郭万铭相见，感慨万千。经过救援黄集一役，国、共、独立纵队之间的团结得以维护，分裂得到避免。
孟云霄远在黄集，凤凰山上又出事。小俘虏井上想家，偷偷出逃，莫碧兰怕他被人追杀，帮助井上出逃到孔廷栋的新民军。路遇鬼子烧杀强奸，地、井上杀其旧战友，对日军失望，不回日军。
但见孔廷栋部杀日军，又觉不忍，于是扮成老百姓逃走，却遇到日军抓劳工抓去采石场，与一个国军炮兵连俘虏一起劳动。国军连长黄镇策动反抗，日军决定等下一批劳工到来，把所有俘虏枪毙。
井上听到这个消息，告诉了黄镇，要他们设法快逃出去。黄镇派井上，卫江山和大嘴冲出去找独立纵队策应暴动，卫江山牺牲，大嘴被抓回去。
井上被土匪贾林、鲁大名救出，遇到了前来找寻他的火凤凰。
大嘴被日本人严刑拷打，答应作日本人的内应。至此，黄镇及俘虏们的计划，日本人全部掌握。等待他们的，似乎只有死路一条。
