小宝平安回京城
李自成说自己能够死在前明公主之手也算是一种荣幸，他让师太赶快动手，师太改变主意她让李自成亲自杀了吴三桂。吴三桂和李自成一场恶战，李自成最后占了上风，他将剑架在了吴三桂的脖子上。陈圆圆说自己和吴三桂做了二十多年的夫妻，吴三桂对她一直很好，她跪下请求李自成放过吴三桂。
这时夏国相带兵包围了三圣庵，韦小宝挟持了吴三桂让夏国相退兵。韦小宝为了全身而退，他要吴三桂答应自己带着吴应熊和建宁公主到京城完婚，吴三桂被迫答应。韦小宝让夏国相放了阿珂，陈圆圆和阿珂母子相见，十分激动。陈圆圆说韦小宝为救阿珂多次冒险进入平西王府，可见韦小宝对阿珂是真心的，她让阿珂嫁给韦小宝，以后不要再流浪江湖。
韦小宝带着吴应熊和建宁公主回到京城，建宁告诉康熙吴应熊欺负了她，康熙知道这一定是建宁捣的鬼，他下旨让建宁和吴应熊在京城完婚。韦小宝告诉皇上吴三桂联合西域圣教、蒙古葛尔丹王和神龙教要分四路出兵造反，康熙听后要亲自审问卢一峰。韦小宝把从吴三桂那里偷来的四十二章经交给了康熙，康熙大喜，他要把这八本四十二章经交给太后，让太后拿到太庙焚毁。
陈近南告诉韦小宝他要到台湾向延平王复命，韦小宝觉得陈近南太委屈了，他把宝藏地图交给陈近南，让陈近南用这些宝藏招兵买马，摆脱延平王的控制自立门户，不要再去台湾了。可陈近南对延平王忠心耿耿，执意要前往台湾。临走前陈近南把用自己一生心血写成的《凝血神爪》交给了小宝。
双儿读了《凝血神爪》以后说如果练这门功夫的时候练错了穴位就会走火入魔，韦小宝听了灵机一动，他决定用这本书来抓出潜伏在天地会的内鬼。他让双儿假造一本改动过的《凝血神爪》放在天地会，如果有人突然练功走火入魔，那他就一定是内鬼。韦小宝把宝藏地图交给双儿让双儿把它们拼好并妥善保管。
康熙审问了卢一峰，他确认吴三桂真的要图谋造反，韦小宝要皇上早做准备。康熙告诉小宝自己早已经准备好了千门神武将军炮来对付吴三桂。康熙痛恨假太后，他要韦小宝带兵去剿灭神龙教，把假太后那个老贱人处死。康熙封韦小宝为一等伯爵，并赐巴图鲁称号。
鹿鼎记韩栋版第40集剧情介绍小宝炮轰神龙岛
原福建水师提督施琅带着礼物求见韦小宝，小宝看着施琅送来的玉碗，想自己和施琅素不相识不知道施琅找自己所谓何事，施琅告诉韦小宝当初自己在郑成功手下带兵，郑成功听信妇人谗言把自己一家老小都抓了起来，他找机会逃走了，郑成功就杀了自己的妻儿老小。他来到京城却一直得不到皇上的重用，此次前来晋见韦爵爷就是想请求韦小宝给自己一个报仇的机会。
韦小宝恨透了郑克爽，他积极地向康熙禀明了施琅的要求。康熙怕施琅返回福建报仇心切反而会惊动了台湾郑氏，他要施朗先帮助韦小宝去攻打神龙教，如果此次出兵施琅表现良好，他一定会重用施琅。双儿把地图拼好了，韦小宝担心地图会被别人抢走，他把地图标志一一记牢然后把地图烧掉了。
施琅决定炮轰神龙岛，韦小宝担心方怡和沐剑屏会被炮弹炸死，他告诉施琅神龙教抓走了皇宫里的几个宫女，皇上交代他一定要活着把这几个宫女带回去。施琅非常感谢韦小宝的提醒，他吩咐士兵攻岛之时见到女的不能杀死只能活捉。
洪教主借练功之名把方怡带到密室，他准备对方怡意图不轨被洪夫人发现。洪教主只得谎称自己找方怡是为了帮助自己练功。
神龙岛周围的海面上突然浮现了很多死尸。韦小宝让手下打捞出一个胖子，发现这个胖子并没有死而且他就是带走假太后的那个胖和尚。胖子说自己原来很瘦的，是胖头陀的师兄名叫瘦头陀，因为晚吃了洪教主的解药所以才变胖的。胖头陀告诉韦小宝神龙教现在正在起内讧，教内各个门派打架打得不可开交，正是攻打神龙教的好时候。
韦小宝听信了瘦头陀的话下令炮轰神龙岛。他正在军营中等待胜利的好消息，却听到方怡的呼救声。韦小宝和双儿跑出军营看到方怡被官兵押在战船上，韦小宝赶紧跑到战船上给方贻松绑。突然他感觉被人点了穴道浑身酥麻，洪夫人一身清兵打扮来到他的面前。原来洪教主早就发现了清兵的战船，那些尸体都是用来迷惑韦小宝的，瘦头陀也是来刺探军情的。
