中国公安边防水洲支队指挥部内，参谋长邓锋站在屏幕前解说案情，据可靠消息，近期珍珍国际偷渡集团蛇头“珍珍”将会乘坐“建荣号”到公海与国际偷渡集团的运输船“阿芙罗号”会合，这次的任务就是抓住他们，任务代号“蓝色行动”。
翌日晚，建荣号靠岸，偷渡集团大蛇头洪雷正等待开船通知，卧底警员肖克凡(化名为阿勇)故意剪断线路，拖延开船时间，不久发现几个保镖簇拥着一个包着头巾的神秘女人上了船，阿勇直觉大蛇头珍珍终于出现了。此时静静停在海港里的几艘巡逻艇像离弦之箭一般朝建荣号驶来，实施抓捕计划，蛇头洪雷命人将偷渡客全部推入海中，他则拉着那名神秘女子准备逃跑，慌乱中，神秘女子被阿勇打中，洪雷趁机跳海逃生。
神秘女子虽然被警方抢救过来，但面对肖克凡的审问却不愿作答，最终调查获知神秘女子名叫伊梅，并非珍珍。行动失败的肖克凡疲惫的打电话给远在美国的妻子卓雅。洪雷对肖克凡怀恨在心，设计了一场枪杀，对肖克凡连开数枪…毫无防备的肖克凡中枪后倒地，险些丢掉性命。
对于这次枪击事件，大蛇头韩丹红气愤地指责了洪雷，伤好后的肖克凡被派往珍珍的老巢富安，任命为富安边防大队的副大队长，誓要破获“珍珍”偷渡集团。在洪雷的一次交易中，肖克凡抓获了中间人，打算放长线钓大鱼。
代号蓝色行动第2集剧情介绍目标车辆最终停在一个小旅馆外，肖克凡紧密布置抓捕现场，顺利抓捕一批偷渡者，却还是没有抓到狡猾的洪雷。在路上，韩丹红飞速驾驶的红色跑车不幸与卡车相撞，受伤的韩丹红被恰在现场的肖克凡送去了医院，还好韩丹红的伤势不重，韩丹红对肖克凡产生了微妙的情愫。
卓雅接受上级命令回国，秘密以国际刑警的身份调查粱凯莉这个国际偷渡集团的首要头目及她的弟弟梁冠成和她的干女儿韩丹红，协助侦破偷渡集团。找到粱凯莉的犯罪证据，进而摸清粱凯莉在中国的帮凶“珍珍”， 无巧不成书，韩丹红曾是卓雅在美国一起上大学的室友，在这期间她按组织要求对任何人都隐瞒自己的真实身份。
代号蓝色行动剧照
卓雅和肖克凡这对夫妻终于久别重逢，两人分外高兴。化学鬼才顾可民教授和学生吴晓研究出了一种新型毒品，用廉价的化学原料就能人工合成与冰毒同样功效的毒品，这个配方是众多毒枭都梦寐以求想要得到的。顾教授将最新型的毒品制作配方纹在了吴晓的身上，不知道此秘密的人看图案只是一条蝎子。这个配方只有顾教授和吴晓知道。
为了将新型人工合成毒品配方据为己有，吴晓杀死了自己的老师。毒贩把吴晓绑架了，逼他交出配方，最终却一无所获。曾是肖克凡同学的李超是缉毒大队的侦察员，为了抓获贩毒团伙，来到肖克凡所在的边防支队配合办案。而此时，韩丹红也接到珍珍命令指挥洪雷活捉吴晓。
代号蓝色行动第3集剧情介绍李超在抓捕吴晓的过程中，与洪雷枪战，在吴晓的干扰下，李超中枪牺牲，肖克凡陷入深深的自责。刚回国不久的卓雅打算先找份工作安顿下来，好好跟肖克凡在一起生活。韩丹红告诉卓雅金石湾度假村有她姑姑的股份，她现在是这个度假村的经理，房子和车子不用自己花钱，并且提供了海景公寓让卓雅住。
卓雅去一家公司面试，老板对卓雅的资历十分满意，本来想录用卓雅，但一听说她的丈夫是警察，就委婉拒绝了。一心创业的卓雅盘了一间时装店，订金是是向韩丹红借的。开业初韩丹红开心的准备了两瓶红酒前去祝贺，却在店外看到卓雅和肖克凡幸福地庆祝开业，转身黯然离开。肖克凡接到电话归队开会，警队要求所有人关闭手机。
内容是珍珍国际偷渡集团已经收了重金要把吴晓从中国偷渡到国外，这是国际人贩组织与国际贩毒组织连手策划的，支队目标是不惜一切代价抓到吴晓。卓雅的时装店被人砸了，因拨打肖克凡的电话关机，她只好打电话向韩丹红求助。韩丹红去时装店的路上拨通了肖克凡的电话，更巧的是两人同时到达时装店门口，这让卓雅有些失落。通过反复思索，肖克凡认为砸店的人有可能是冲自己来的。
