高飞和沈冰暂时解除了误会，卢定军一方面安排警察局长继续监视高飞，一方面派人去顺清王府蹲点。而高飞收到消息，终于找到了老鱼头的踪迹。高飞和沈冰跟踪老鱼头，意外被忍者袭击。日方派出的忍者失利，于是他们决定找一个盟友合作对付高飞和沈冰。高飞发现云雨轩夜袭事件是卢定军在搞鬼，于是主动出击，带着沈冰和金小班去司令部逼卢定军说出他知道的关于刘远的一切。不料随后，秋田真吉也主动找上门威逼利诱卢定军与其合作，并告知他们计划将高飞的命结束在封门村。
沈冰收到面具人的指示去卧龙山找一个叫山猫的人。于是她想到了高飞警局曾逮捕的卧龙山土匪，不料土匪已被肖局长放走。赵二狗带人去封门村查探命案，随去警员却离奇死亡。正当高飞和沈冰在警局推测封门村之际，赵二狗慌张来报封门村有鬼的消息。
高飞和金小班决定去闹鬼的封门村一探究竟，此时，卢定军正谋划着在封门村暗中搞鬼。沈冰来到了卧龙山找山猫，没想到山猫居然是她的旧相识。山猫告知沈冰卧龙山的后山山洞里很有可能藏着日本人的秘密，而卧龙山大当家的蓝和尚是个厉害角色，有着非凡的军事才能。
高飞和金小班刚到封门村就遇到一户人家被射杀，生还的小女孩认定高飞和金小班是杀人的恶魔。而此时，沈冰决定和山猫一同上山，见一见大当家的蓝和尚，以说服他被军统收编。
特工003第17集剧情介绍高飞和金小班在小女孩小宝的带领下来到了封门村的大伯家，不料小宝的大伯大婶已被吊死。夜幕降临，封门村里浓雾来袭，充斥着诡异的气氛。此时，贺光辉令封格格做好去封门村接应高飞的准备。高飞留下金小班照看小宝，独自一人去侦查。熟睡的金小班被一伙假鬼索命，吓得半死，幸亏高飞及时相救。
山猫将卧龙山的地图交给沈冰，同时提及自己对沈冰的感情，却遭到沈冰的反感。沈冰试图查看卧龙山山洞，却发现山洞戒备森严。封门村里，薛保长主动找到高飞拜托他将封门村的鬼雾之谜解开，而其关键就是戳穿红袍主教的装神弄鬼。于是，高飞再次孤身闯鬼雾将一伙白衣假鬼杀得片甲不留，这才获得了封门村村民的信任。不料此时，红袍主教带着一伙人出现，以血祭之名要将高飞和小宝杀死。危急时刻，金小班灵机一动假扮大山神附体拖延血祭时间。这帮红袍主教的目的是拿到高飞手中的钥匙，所以顺势配合金小班的装神弄鬼，带人暂时离开。
沈冰根据卧龙山的地质推断后山山洞一定有别的洞口，于是她决定不再等大当家蓝和尚的出现，而是要带着灵儿亲自探查。卢定军一方得知日本人正在封门村对付高飞，心情大好。
高飞和金小班在血祭时再施一计，令红袍主教不得不放弃血迹。红袍主教无奈带手下撤离，封门村暂得安全，而此时，沈冰带着灵儿在卧龙山上搜索洞口，一个戴面罩的人正在其二人身后跟踪。
特工003第18集剧情介绍高飞跟薛保长分析红袍主教一伙人在封门村装神弄鬼的目的可能不仅仅是为了敛财，果然，红袍主教一伙人真实身份是日本人，他们正商量着如何进行下一步计划逼高飞交出钥匙。
封门村村民因为家人昏倒而认定高飞是个扫把星，高飞百口莫辩。而沈冰和灵儿在卧龙山上寻查掉入陷阱，遭到一伙人的射杀，危急时刻，幸得一个神秘人将她们救出。封门村里，高飞发现村民晕倒是中毒所致，于是他派金小班找解毒大夫来给村民治病。正在此时，顾明突然来到了封门村找到红袍主教，原来他的真实身份是红袍主教的双胞胎弟弟，且是秋田手下的顶尖特务。他们正等待着高飞进入圈套。
金小班带来了封格格和贺敏来给村名治病，贺敏分析村民死于军事细菌病毒。此时，贺光辉担心高飞等人的安慰决定派地下党员去封门村支援。一帮忍者袭击高飞等人，交战中高飞发现卧龙山土匪与日本人有着很大的关系。打跑忍者后，高飞等人才发现他们中了敌人的圈套，被施救的村民们突然离奇死亡，于是他们再次被村民认定成杀害亲人的恶魔。
一伙忍者来到卧龙山，准备在封门村的河水上游下毒，突然，一个神秘人将忍者杀死带走毒药并将其销毁。红袍主教再使诡计，故意制造村民与高飞等人的误会。平息误会后，高飞才发现中计了，金小班被掳走了。
红袍主教带着人质金小班要挟高飞交出钥匙。高飞不从，红袍主教便再次以山神之名惩治高飞，蛊惑村民，怎料，高飞不甘示弱与其斗法，红袍主教只得继续装神弄鬼，一个手下准备将手放到油锅里捉妖。
