狄仁杰被通缉
童梦瑶见到太傅后说明狄氏父子的情况，她和二宝也不清楚狄仁杰的情况。狄仁杰看到假郦妃戴上面具，还听到她被王佑仁利用的话，她父母在王佑仁手上，也是协迫所致。杜太傅怀疑背后都是王佑仁作怪，他猜想王佑仁还有别的目的，王佑仁没接管禁军让杜太傅担忧，他判断长安城要出大事。
王佑仁在皇上面前对狄氏父子恶言相告，还让王元芳作证，面对皇上的询问王元芳只好承认。狄知逊的旧部已被皇上拿下，王佑仁提议调集西南等地的军队，皇上命人贴出告示让狄仁杰归案，否则一周后赐死狄知逊。狄仁杰被带到假郦妃面前，她命人拿出一把琉璃刀，狄仁杰只想要回自己的兵器。
杜太傅坐马车赶往长安，王元芳仔细回想着王佑仁的话，他开始怀疑父亲参与兵变之事。徐昭媛请来高丽戏班为皇上助兴，假郦妃提出赐武媚娘名份，徐昭媛听着心里不舒服。王元芳来到军中后见到袁将军的兵马，袁将军想按计划杀入长安城。
戏台上表演的歹人要用毒箭伤害皇上性命，多亏被狄仁杰阻拦，武媚娘为救皇上也身中一箭，她说明狄仁杰是来救驾的，王佑仁很担忧，还诬陷狄仁杰私通高丽杀手，皇上让狄仁杰给一个合理的解释，狄仁杰说明他已查清索朗之死的真相，还请求赦免狄知逊，狄仁杰只需要一柱香的时间来证明一切，皇上答应给他最后一次机会。杜太傅在途中发现西北军，他们是王佑仁的旧部，二宝还看到中间的人是王元芳，童梦瑶难以相信，她骑马去找王元芳，还在营账外听到他们的谈话，但童梦瑶被抓住。
狄仁杰带人来到案发现场说出他的推断，他在索朗的指甲缝里发现粉红色的粉末，那香粉是小昭脸上的，而且还是西域特制。狄仁杰得到皇上的许可后说出她在郦妃房中听到的话，莲儿被皇上质问，皇上想知道小昭的尸体，狄仁杰推断她的尸体就在水池中。
元芳与仁杰第39集剧情介绍西北军兵临长安城
童梦瑶想说话时被王元芳拦住，袁将军等人有些怀疑，王佑仁提出单独童梦瑶说话，袁将军等人出账。池塘中的女尸被捞出，狄仁杰说明尸体被石狮子沉入池塘。皇上询问郦妃，王佑仁匆忙掩饰，狄仁杰解释当时的情况，徐昭媛急于证明她的清白，她跪下的举动就是不打自招，狄仁杰只好说出徐昭媛和索朗私通，皇上让他拿出证据。
皇上看到索朗死的时候穿的是一身长衫，狄仁杰拿出从索朗身上发现的玉佩，王佑仁解释那是索朗为纪念母亲所为，这让狄仁杰有些意外，他请求多给一些时间来调查，王佑仁等人请皇上赐死狄仁杰，狄仁杰和李婉青被押入天牢等候发落。王元芳带西北军来到长安城前，他拿出令牌后城门被打开，西北军一涌而入。
皇上在床前照顾狄仁杰，得知杜太傅入京后前去查看。杜珂见到皇上后问起狄氏父子，皇上拿出书信让他看，杜珂劝说皇下，还力保狄氏父子，杜珂判断那封信可能是伪造的，杜知逊和王佑仁都是他的门生，杜珂发现信上的破绽，皇上劝他不要固执己见，杜珂还说明王元芳带西北军入京，皇上并不意外，他对王佑仁太过信任。杜静秋见到武媚娘，武媚娘听说过她。
杜珂担心西北军兵变，还怀疑刘猛的忠心，皇上听不进他的劝说，杜珂无能为力。狄仁逊在监狱中见到狄仁杰，狄仁杰分析案情，他怀疑王佑仁和徐昭媛打成交易，只是没证据，狄知逊一直宫中情况。武媚娘带人去天牢探望狄氏父子，蒙着面纱的杜静秋也进入。末泥的死让假郦妃乱了阵角，她求王佑仁能放过自己，她父母仍被王佑仁掌控，王知仁得知西北军到后准备去天牢杀死狄氏父子。
王元芳带兵带到丹凤门，守城将士看到令牌后出门挟持王元芳和童梦瑶，西北军随后被禁军包围，发现中计后只能死拼。王佑仁带兵来到天牢，进入天牢后发现狄氏父子被人救出，看到杜静秋后让他意外，狄知逊劝王佑仁放下屠刀，王佑仁自认为西北军能控制局面。李婉青等人被控制住，王佑仁得意洋洋。皇上得知西北军兵变后十分惊慌，他派人去保护武媚娘，皇上被西北将军孙刚带人包围，王佑仁站在玄武门高处，皇上这才认清王佑仁的真实面目。
