公元四世纪初，晋朝都城长安被后赵攻破，琅邪王司马睿在江南士族扶持下定都建康，史称东晋，从此晋朝走上了漫漫的衰败之路。到了七岁皇帝司马聃坐上皇位的时候，朝中大权集中在太后庾丽华和太师曹安手里，虽说北方战火纷飞，但宫中依然是笙歌不断、纸醉金迷。
外忧内患困扰下的大晋，惟有一人审时度势，内心明亮如炬，此人就是右军将军王羲之。他虽忧心如焚，却难破曹太师精心营造起来的祥和泡沫，平日只好暗暗叹息。曹太师知道从司马氏手里夺回江山社稷的机会到了，欲置庾太后和小皇帝于死地，便说服他们去金华山迎取祥瑞之物灵狐。这小皇帝本是贪玩年龄，久居深宫百无聊赖，此刻经太师这么一说，顿时来了兴趣，执意要去金华山。晋人迷信盛行，太后饱受朝中政局困扰，正欲找寻振兴之道，见太师说得如此灵验，便应允下来，选吉日赴金华山迎取灵狐。
在金华山曹太师实施暗杀太后母子的计划，被上山采药的当地郎中黄楚明，以及他的恋人柳一夕解救，曹太师的阴谋破产，杀手被他的部将上官绝一一灭口。奇的是小皇帝还真看到了灵狐，还有跟神仙姐姐一样的柳一夕，而黄楚明和柳一夕的仗义行为更是给太后母子留下了深刻的印象。司马聃被杀手的毒箭射伤，性命难保，黄楚明不顾危险，用高明的医术挽救了小皇帝的性命。太后欲封赏黄楚明和柳一夕，被二人婉言谢绝。
王羲之的副将裴成率军赶到，致使上官绝不敢轻举妄动，只好护送太后母子回京。从此司马聃在宫中时刻会想起柳一夕，神情恍惚。王羲之得知杀手的阴谋，非常吃惊和疑惑，派义女慕容砚去金华山调查事件真相。曹太师闻讯后非常紧张，怕事件水落石出，立即派人藏匿证据，若有漏网杀手一律就地灭口。
侠影仙踪第2集剧情介绍小皇帝司马聃箭伤稍有恢复，但无法释怀的是怀抱灵狐的柳一夕，他无法仍受宫中兴致索然的生活，希望能给他带来一些宫外新鲜的事物。他在宫中脾气暴躁，一心想召柳一夕入宫。上官剑侍是上官绝的妹妹，担任庾太后的近侍，她有一手炼丹的绝艺，得太后信任。
太师曹安幕后策划了刺杀太后母子的阴谋，眼见阴谋失败，急于保全自己的人马安然无恙。他听说皇上要召柳一夕入宫，顿时来了主意，称此番要从司马氏手中夺回曹氏的江山，其关键是小皇帝，而这个突破口正是柳一夕。他让谋士左丰立即安排手下，赴金华山执行他的计划。话说黄初平平时经营着祖传的黄家药铺，悬壶济世，在当地颇有名气。
其父黄云阳对二人搭救太后母子的行为，流露出由衷的担心，认为他们涉世不深，不知江湖险恶，难免要遭人暗算。黄初平不以为然，依然按照自己的方式行医。云游到此的道长赤松子主意到这个年轻人的存在，偷偷地观察他，又不露声色地考察他，心里非常满意。黄初平听说赤松子要收他为徒，非常意外，婉言谢绝。
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赤松子也不勉强，说三日内他有灾祸，便飘然而去。太师曹安的公子曹俊爱慕慕容砚，见慕容独自南下，便一路纠缠着欲求同行，慕容设计摆脱，落荒而逃。黄初平帮柳一夕上山找羊，遇到了慕容砚，慕容见来人是搭救太后的大侠，欲与黄初平比试功夫。黄初平用祖传的木剑抵挡，功夫尽失，让慕容砚疑惑不已。不日，一孩子驮着“病重”的慕容砚来到黄家药铺看病，大出黄初平意外。慕容解释想在药铺落脚，以免目标太大，引人注意。经黄初平追问，慕容才说明她来金华山的目的，是为了找到那些落网的杀手，以便案子水落石出。
侠影仙踪第3集剧情介绍一批县衙的衙役出现在黄家药铺，将黄初平锁了带到县衙。前几日来给父亲配药的阿毛指控他，说吃了黄初平给配的要，父亲毒发身亡。黄初平有口难辩，只好画押认罪。阿毛见黄初平被关押，赶紧去向捕头铁铮讨赏，被铁铮杀人灭口。柳一夕击鼓鸣冤，为黄初平抱不平，被知县轰出衙门。
慕容砚夜闯监狱，告诉黄初平那个老人根本没死，她已经修书警告了知县。慕容救出黄初平，一路躲避着衙役的追捕。慕容砚在黄初平的引导下，在树林里抓住了身受重伤的杀手，为了怕夜长梦多，慕容砚决定立即带凶手赶回京城。原来黄初平入狱正是曹安的步骤之一，听说黄初平逃脱，他赶紧将上官绝派往金华山。慕容砚将杀手带到右军府，使女苏瞳对小姐身手极为佩服，建议先关押起来。那边，曹安很快得到了杀手落网的消息，立即布置新的计划。
上官绝带领蒙面杀手杀进黄家，黄云阳等倒在血泊中，黄初平回到家中时，捕头铁铮以杀嫌疑拘捕了他，称朝廷命令将黄初平就地处斩。关键时刻赤松子出手救出黄初平，黄初平这才明白道长说的三日内必有灾祸的预言，不由得心中佩服。可他惦记着失踪的一夕，坚持去寻找她，便回家中取出祖传的木剑。上官绝早就带人等候着他们，为掩护黄初平撤退，道长与上官绝大战。曹安的计划如愿地执行着，先是被关押在右军府的杀手被谋杀，而后是抓到了柳一夕。
来自后赵的奸细空尘子刚刚踏上东晋的土地，便给一群杀手跟踪，他甩脱杀手，来到了曹安的太师府。上官绝和上官剑侍兄妹拔剑与空尘子大战，难分胜负。空尘子称他不是来打架的，有事与太师商议。空尘子掏出半截狮子头像，曹安大惊，赶紧将空尘子引进书房密谈。
