艾龙龙趁机在何畏手机中植入木马。李中来模糊记起自己被催眠的杀人过程，又无法确定其真实性。
李中来与艾龙龙计划救出林建，拿到混元幡，对抗艾博士。“靳峰”失联多日引起李天昊的怀疑，他重新启用何畏调查案件。
何畏诈出艾龙龙黑客身份，并要挟他提供更多线索，艾龙龙只好说出天机集团以及玄戒和混元幡的秘密。何畏警告艾龙龙不要再接近何璐。
何畏提审林建，将掌握的情况暗示给他，林建大惊失色。何畏从林建处得到了其他线索。
天机谜第1季第11集剧情介绍“靳峰”在失联多日后回到袁子珊家中。不忍再欺骗袁子珊，变回原形的李中来将靳峰的死讯告知她。袁子珊劝李中来相信警方的力量，主动自首。
但李中来执意自己调查真相。李中来离去。何畏根据艾龙龙与林建提供的线索找到了靳峰的尸体，却因为手机木马无法将“靳峰”的情况及时传递给局里。
李中来与艾龙龙打算利用这一时间差劫走林建。就在此时，张惠却被艾丽莎劫持，艾丽莎以此要挟李中来交出玄戒、混元幡和林建
天机谜第1季第12集剧情介绍(大结局)李中来变身李天昊，将林建劫走。何畏半路杀出，将李中来原形巧妙逼出，林建借混元幡帮李中来脱身，与李中来一同前往艾丽莎藏身之处。
林建告诉李中来《天机名录》的秘密。艾丽莎索要混元幡，林建隐身逃走。艾丽莎残忍杀害张惠，带着假玄戒逃走。何畏赶到将李中来解救并逮捕。
何璐最终发现了艾龙龙的真实身份，但已爱上了他。袁子珊深情探视李中来，让他借自己的面容逃走。李中来变身路人消失在人群中，寻找被天机集团劫走的女儿。
