四十年代初，抗日战争已进入到僵持阶段，故事发生在长江中下游小城-通川城。一口香酒楼老板钟宁听宪兵说起日军对猎狼人四处搜索，她是从小立志为父报仇的刚烈女子。梁本初是英勇善战的猎狼部队队长，绰号“龙王”，他奉命执行特殊任务。日本通川警备司令部军官太田在车里被人袭击，车翻后太田爬出来，救援的日军士兵在爆炸中死去，太田要逃走时被人追赶上杀死。
通川城中，宪兵队长西田以“恶狼”的外号震慑百姓，他有着远超常人“嗅觉”能力，这种特别的能力让他成为破坏抗日活动的高手。他精心准备了对传奇武工队“猎狼人”部队的埋伏，誓要抓捕梦寐以求的宿敌。猎狼人大北、张浩和董三民听到外面的敲门声后警觉起来，得知队长梁本初到后他们才放松下来。
西田从大川特务机关得到猎狼人的消息后准备实施抓捕，通川日伪军全体出动挨家挨户检查户口，梁本初看到侦缉队的杜怀清在积极搜查，他感觉不太好。猎狼部队成员收拾东西准备转移，日军已经封锁街道，杜怀清敲门时里面没有回应，他带人去别处查看，猎狼人避免了一场打斗。梁本初决定马上撤离，晚上从城隍庙集合。西田带人搜查那处空宅，地上的新鲜脚印引起了他的怀疑，日军冲入后空无一人，他闻到一股火药的味道。
梁本初带猎狼人从后门悄悄离开，西田根据判断追赶过去，西田看到董三民，大北及时出手救了他，梁本初带人还击，双方展开激战。猎狼人被围后集中火力向外冲过去，日军被他们的强大火力压制，梁本初命他们分头撤退，大北在掩护张浩和董三民时负伤被日军活捉，日军山本队长也受了轻伤。
灭狼行动剧照
钟宁听闻猎狼人部队遭袭。猎狼人的首领龙王一直以来都以千米外狙击日军而威名赫赫，他的这份能力正是钟宁一直需要的，她杀父的仇人大岛，守备严密;多年来，钟宁都是因为无法近身而不能复仇。钟宁立刻前去支援，这是一个接触猎狼人的机会。梁本初在巷子里被日军围住，钟宁出手相救，梁本初借机逃走。龙王老梁此次带领猎狼人进城的目的是炸毁日军油料库，挫败日军清乡的图谋，保护着根据地万千百姓的安危。但行踪暴露，陷入了与西田的苦战。多亏钟宁的出手，才摆脱了陷阱。但任务的关键，爆破手大北还是落进敌人手中，爆破设备全被日军缴获。
灭狼行动第2集剧情介绍就在龙王为难之时，一个梯子将龙王救出危难之中。这个递梯子的主人，正是钟宁。钟宁救出龙王老梁，自然有她的道理。这么多年，她追杀敌人，从未放过任何一个目标。但是随着杀敌难度的增加，她花费的时间性和危险性也越来越高，如果她会了龙王的千里狙击，她要杀的剩下三个仇人，甚至是驻军司令大岛，都不费吹灰之力。钟宁想，既然没用的胖子是猎狼人的人，那么，他一定认识龙王，钟宁惊喜于自己的想法，却不料老梁在汇集了队员之后，匆匆离开。
为抓捕龙王，西田将大北悬挂于众，却不见龙王。通过“神打”这门独门武功，西田屠杀了体育会，因为会长汤芍是这门武功的唯一传人。
从好姐妹林迭口中得知汤芍因自己被捕，钟宁决定再次出手，以洗脱汤芍的嫌疑。目标定为同是钟宁仇人的大岛司令的副官五木，就在钟宁潜入五木所在，却与龙王的猎狼人相遇，猎狼人此行的目的是要用五木换取大北的命。一个要杀，一个要保，针锋相对。就在钟宁不肯退步之时，一直暗中保护钟宁的李学武出现。
