连城不顾暴露身份的危险痛殴韩奎，质问其连莲下落。巴山制伏连城，欲军法从事。细雨之夜，茅剑升与王二茂准备营救连城之际，却见韩奎出现。连城与韩奎话不投机，韩奎恶狠狠地让连城等死。
巴山设计欲让苏志丹亲手枪毙连城，不料机智过人的苏志丹不但巧妙化解，反将士兵们的情绪调动的群情激昂，下不来台的巴山被迫宣布释放连城。连城感念苏志丹救命之恩，再次提出要拜其为大哥，苏志丹告诉他，从今往后但言“同志”，勿称“大哥”。
1927年，蒋介石在上海发动“四一二”事变，血腥镇压共产党，并在全国掀起一股“清共”高潮。此时的连城已晋升为排长，他接到命令率人围捕共产党，当他得知巴山的孙副官正在搜捕苏志丹时，焦急的带着茅剑升寻找其下落。茅剑升被血腥的场面吓坏了，劝连城不要冒通共的危险，但连城坚持己见，茅剑升索性抱住连城大腿，死活不让连城离去。苏
志丹为掩护地下党人员撤离，故意留守家中坦然与孙副官对峙。苏称上峰有令：礼送共产党出境。因此巴山根本无权逮捕自己，双方僵持不下。孙副官只好请巴山亲自出马，苏志丹一番说辞，实则拖延时间，直到巴山接到报告说共党分子已经逃脱，恼羞成怒的巴山下令逮捕苏志丹。
连城急怒攻心，说自己绝不肯忘恩负义，但茅剑升却告诉他，巴山不敢把苏志丹怎么样。
深度潜伏第5集剧情介绍韩奎统计共党分子名单，孙副官不怀好意提示他应该将连城的名字也列在其中，理由是连城跟苏志丹过从甚密。耿直的韩奎说自己了解连城的出身，身为富商养子的他根本不会成为共党发展的目标。茅剑升苦劝连城无用，连城一意孤行，独自一人前去营救。
连城借替巴山司机擦车之机，见到苏志丹。并表示誓死追随，愿意加入共产党，无论如何都要救走苏志丹。苏志丹嘱其小心行事。此时的巴山正在密谋如何神不知鬼不觉的处死苏志丹，茅剑升终于想通，决定帮助连城营救苏志丹，连城大喜过望。
苏志丹在连城和茅剑升的帮助下，驾车逃出，来到地下党接头处“老王面馆”面授机宜，并告诉连城，今后如要与自己联系，可到此处，两人后会有期。苏志丹的逃走令整个团部都炸了锅，巴山下令掘地三尺也要缉拿归案。满城军警出动，地下电台安全转移。
韩奎连夜提审茅剑升等人，逼问连城和苏志丹的下落，茅剑升咬牙说自己什么都不知道。而此时，一辆黑色轿车驶过连城身前，一瞬间他似乎在车里看到了小姐连莲的面孔。
来不及细想的连城发现有几个不知死活的热血学生，上前劝阻，他用苏志丹告诉自己的话说服学生，众学生欣喜不已，以为连城是共产党。尽管连城矢口否认，但学生们仍自作聪明的以为连城是不可暴露的地下党。送走了学生，连城思前想后不忍连累茅剑升等人，毅然决定返回团部，途中却偶遇马军长。
深度潜伏第6集剧情介绍马军长大发牢骚，说搞不懂蒋介石葫芦里卖什么药，说翻脸就翻脸。连城告诉马军长自己为搭救救命恩人才沦落至此，马军长诧异，问所救何人?连城说一个共产党。马军长告诉连城如果答应留下，自己就帮他过这一关，连城却说不能连累马军长。
马军长破口大骂，说连城你小子也太倔了。连城不告而辞，潜回团部，目睹司机小曹当众要被砍头，手起刀落之前，连城现身。巴山说，见过争着要钱的，没见过争着送死的。说罢，将茅剑升也推出来，要将二人一起枪毙。
并命令韩奎执行，就在此时，军部刘副官赶到，要求枪下留人。刘副官告诉巴山，连城是马军长故交，是杀是留你看着办。巴山吓得七窍生烟，哪敢说个不字?送走刘副官，请财神爷一般送给连城十块大洋，但要求连城走人。连城说要走就带茅剑升一起走，巴山不允，连城只好独自离去。
无法交差的巴山，动了歪心眼，决定拿韩奎开刀。他要挟茅剑升做假口供，指认韩奎是共党头目，茅剑升痛快的签字画押。巴山提拔茅剑升任排长，茅剑升两眼发亮，发誓一定要好好干
。韩奎被莫名其妙的抓进了审讯室，孙副官亲自提审，韩奎听闻是茅剑升告密，大呼冤枉。可任凭其怎么解释，孙副官一口咬定韩奎就是共党。急中生智的韩奎让孙副官屏退左右，告诉他一个惊天秘密。
