北京老字号，药店同仁堂。至大清光绪年间，已绵延二百余年。老东家乐宏达已是第八代掌门。
乐家老宅飞来横祸，一场大火突然而起，烧掉了存于贵重药材的细料库，还伤了乐宏 达。幸而其长孙乐宏达赶到，救下“同仁堂”老匾，免于一炬。
火是谁人所放?没有家贼，引不进外鬼。丫头兰香明知此事与丛玉珠有关，但闭口不说。乐宏达之子乐八爷一怒，将兰香逐出乐家。
谁想兰香之父胡七，提刀找上门来，要乐宏达说清兰香罪状，并要当场劈死女儿。
胡七误伤乐宏达。丛玉珠良心难泯，自认事实。
大清药王第2集剧情介绍丛玉珠原在上海唱髦儿，与总理衙门的曹化伦结识。后来流落京城，投靠乐家。曹化伦逼她偷出同仁堂秘方，正被乐宏达撞见。曹化伦情急砸伤老爷子，并放火灭迹。
乐宏达大怒，要将丛玉珠逐回上海。但丛玉珠早已心仪乐宏达，被宏达之妻瑞珍看破心事。
细料已被烧光，供奉御药的药银又被扣住不发，同仁堂面临无米之炊。乐宏达得知是曹化伦从中作梗，索要无著，喝得铭酊大醉，路遇名妓赛金花被人寻衅，救下赛金花。
乐宏达已年过七旬，表示推位让贤。让儿子老八和孙子宏达竞争，谁带著同仁堂闯过难关，堂印就交给谁!
大清药王剧照
御药房的白太监不提欠银，却又下了上用的药单子。声言三天之内照单交齐，否则就是抗旨。
大清药王第3集剧情介绍面对两路夹攻，乐八爷只好躲了。乐宏达万般无奈，釜底抽薪，以退为进，以毒攻毒，摘匾宣布停业。
主管御药房的王爷大怒，传来乐宏达责问。不等乐宏达说起欠银，曹化伦就借机岔开，进谗攻击同仁堂店大欺客，是想高抬药价，建议另招其他药店专供御药。王爷一气之下照准。
曹化伦和松寿堂孙掌柜在妓院密商，索性把同仁堂的老根拔掉，将其二百多年专供御药的专利给松寿堂。
赛金花得知，忙到乐家向乐宏达报警。
大清药王第4集剧情介绍同仁堂无钱购料，大查柜赵先生只好用地参代替红参入药。乐宏达发现，当众责怪赵查柜忘了同仁堂的店规“真材实料”。赵查柜一怒辞柜。乐宏达命乐宏达将赵先生请回，却又吃了闭门羹。
松寿堂孙掌柜得知，忙上门请赵查柜到他店里掌柜。但赵查柜的心仍在他效力半生的同仁堂，谢绝重金礼聘。
乐宏达失意回到作坊，却发现赵查柜连夜将地参药全部检出，大为感动，跪请赵查柜重回同仁堂。赵查柜激动表示：所有损失自己包赔，永远不坏店规!
