大内集市开张，皇上领着两宫太后一起玩赏。皇上花巨额银子买下倪云林的画作送给陈太后，又在冯保的安排下，吃下一万两银子做出的三菜一汤。
张居正回京前一夜，在京南驿会见光懋。了解到浙东大捷的真相后，又找来吏部尚书王国光，决定撤消所有因此捷而给出的封赏。内阁次辅吕调阳因此气死。
万历首辅张居正第38集剧情介绍大臣之死，皇上并不伤心。他在孙海的引诱下，深夜来到御花园曲流馆调戏宫女。
曲流馆内，皇上朱翊钧逼宫女迎儿喝酒唱荤曲，迎儿不会，朱翊钧下旨削去她的头发。冯保侦知，带着李太后赶来。见到这幅情景，李太后决心废除万历皇帝，经张居正解劝，方才打消念头，但此事让朱翊钧记恨在心。
残冬腊月，已担任工部左侍郎的金学曾突接乡书，告之母亲辞世。他立即上书请求回家守制。临走前一夜，来京述职的沈度前来探望，故友相见，颇多感慨。而朱翊钧听说金学曾回家守制，却暗自高兴。
万历首辅张居正第39集剧情介绍朱翊钧总是想方设法从国库调银子自用，张居正屡屡制止，以致引起不快。沈度调查出确凿证据，许从成隐瞒巨额田亩，张居正禀报皇上请求严惩，朱翊钧刻意袒护。张居正一气之下，晕倒在平台。
张居正患病的消息不胫而走，许从成等反对派兴奋异常，朱翊钧一改过去对张居正的尊敬，下令封锁张府，不许任何人进去探视。
万历首辅张居正第40集剧情介绍在张鲸的唆使下，太医故意给张居正开反药，让张居正的病走越来越厉害。
李太后关心张居正的病情，让朱翊钧请京城名医延治，朱翊阳奉阴违。
春荒时节，许多流民涌来北京乞讨。二柱子等人在乞讨中与军士发生冲突造成死伤。二柱子等人跑到张府门前长跪呼冤。张居正闻讯，让人抬着出来接见群丐。听完他们的申诉后，张居正决心晋见皇上。他动弹不得，便躺在担架上进了皇宫。
朱翊钧听说张居正来见，大惊失色。他答应张居正一定要惩治贪官。张居正在他面前再次吐血昏晕死。三天后，张居正永远离开了人间。
