纳林虽然再次起了杀努尔哈赤兄弟的念头，但是努尔哈赤据理力争，并且详细地分析女真各部的形势，这才让自己和舒尔哈齐转危为安。纳林最终同意放了两兄弟，但是不会借给他们一兵一卒，去对抗尼堪外兰。
努尔哈赤，舒尔哈齐兄弟二人与重伤的东哥告别，努尔哈赤断刀为盟，立下誓言，永不辜负东哥对自己的恩情。努尔哈赤对弟弟说，他要化敌为友，要利用李成梁这个仇人，把他当成靠山。努尔哈赤回到抚顺见李成梁。努尔哈赤告诉舒尔哈齐自己如果回不来，就要弟弟照顾东哥一辈子。并且向弟弟袒露自己对东哥的爱慕，早已深爱东哥的舒尔哈齐陷入两难的境地。
努尔哈赤独自来到李成梁处，见到了被押为人质的佟夫人和儿子，原来李成梁老谋深算，早把努尔哈赤的家人扣为人质，以便作为日后要挟努尔哈赤的资本，对此努尔哈赤虽然感到惊讶，却没有对佟佳氏表现出应有的关心和疼爱，此时他的心里一直想着如何复仇。努尔哈赤要李成梁举荐他接替其父建州都督的位置，条件是努不再追究以往二人的宿怨，并让自己的儿子褚英做他的人质。李成梁同意了他的要求，并用剑将其手上的铁链砍去。努尔哈赤和舒尔哈齐再度重逢，二人决定重回建州城，重振祖宗基业。
努尔哈赤和舒尔哈齐回到都督府看到府内一片萧条，众乡邻都质疑他二人的能力。努尔哈赤与舒尔哈齐共同承担起了重建建州的重任，令乡邻刮目相看。努尔哈赤与舒尔哈齐找出仅存的十三幅盔甲，对天盟誓，不报家仇，誓不为人!夜间一伙黑衣人偷袭努尔哈赤兄弟，他们奋力拼杀脱离险境。次日有图伦军队要谋害兄弟俩，二人浴血奋战。
太祖秘史第4集剧情介绍努尔哈赤和弟弟舒尔哈齐竭尽全力与敌人拼杀，不料被图伦兵将他二人团团围住，正在危难关头佟家五兄弟率领庄丁前来投奔努尔哈赤，将图伦兵射死。
与此同时，佟佳氏收拾好行李，看着佟家庄园烧成一片火海。转而，佟佳氏带着佟春儿来到建州都督府来投奔努尔哈赤，努向佟佳氏询问儿子褚英的情况，向佟佳氏保证杀掉尼堪外兰后一定将儿子接回来。图伦城外，努决定不能硬打要巧妙装扮成商人骗开城门，兄弟们都争先去骗开城门，努尔哈赤坚决亲自出马。先头部队杀死守城的士兵，后面佟家五兄弟带领众兵杀入城内，图伦军四散逃窜，舒尔哈齐询问到尼堪外兰的住处。带领众兵前去。
尼堪外兰的家里，二十四口女人和孩子哭声喊声混成一片，努尔哈赤怒火中烧准备将尼堪外兰的家人全部杀死。这时，那齐娅突然来到，请求努尔哈赤不要杀死她的家人，此时努尔哈赤已经被复仇的火焰充满了胸膛，努下令处决尼堪外兰一家，那齐娅冲上前去要和家人死在一起，努将其拉出来。这时舒尔哈齐跪在地上求哥哥手下留情。
努尔哈赤让弟弟起身，清点尼堪外兰的家人，共二十四口，他说今天是他打胜的第一仗不能没有人祭旗，于是他让舒尔哈齐从俘虏中挑选老弱病残用来祭旗。那齐娅看着这一幕坦率地对努尔哈赤说：你太残忍了!努说：你担心你的父亲了?那齐娅镇定地说我是担心我父亲以后会是谁。那齐娅有种预感，在将来的日子里整个辽东都不会有安宁的日子，所有不臣服努尔哈赤的人都将血流成河。
这一仗刚刚结束，还没有喘息的机会，尼堪外兰率领两万人马向建州攻来，努尔哈赤急忙想对策，唯一的办法就是到叶赫借兵，他把这个任务交给了舒尔哈齐。舒尔哈齐赶忙起身，去找纳林。舒尔哈齐来到东哥府上，看到东哥正在吹箫，东哥见到舒尔哈齐扑到了他的怀里，为了帮助努尔哈赤，东哥决定亲自去见纳林，舒尔哈齐与东哥四目深情相对，思念之情化成了一行行流淌的泪水……
